포토샵 4.0이나 5.0이 없어서 확실히는 모르겠습니다만.
레이어 팔레트에서 확실히 레이어가 하나인지 확인하시고
저장해 보세요.

만약 그래도 같은 현상이 발생한다면
일단 pict,tiff,targa나 포토샵 2.0 포맷으로 저장을 해서 불러들여 보세요.

이 경우 꼭 EPS파일로 저장을 해야 한다면 번거롭겠지만
pict,tiff,targa나 포토샵 2.0 포맷으로 일단 저장을 한 후
다시 불러들여서 EPS포맷으로 저장하면 될겁니다.

아니면 4.0을 쓰는데서 빨리 업그레이드 하라고 재촉하세요. ^^