저도 학습지 디자인하는 사람으로서 안타깝네요 .
일러스트에서 블러 효과를 주기위해서 Resterize 적용후에만 필터가 적용되는데
Resterize 는 오브젝 이미지를 비트맵 이미지로 전환하는 작업입니다.
즉, 작업은 일러스트에서 했으나 그 파일의 속성은 포토샵의 그것처럼 바뀝니다.

지금 수습할 수 있는 방법은 그립자들만 따로 포토샵으로 불러와
색상을 그래이 모드로 바꾼후 .Tiff(가능한 확장자는 붙여주세요. )로 저장
작업물이 많을 경우 액션 기능을 쓰면 많은 시간이 걸리지 않습니다.(양쪽 모두에서)

그후 Quark에서 그림자 상자위에 일러스트 그림상자를 앉히는 방법이 현실적이라 봅니다.
더 좋은 대안이 있는지 저도 한번 확인해 보겠습니다.