프로그램마다 조금의 차이가 있는데...
폴더채 버려지는 강한기능의 프로그램은 상관없겠지만...
어떤 FTP프로그램은 폴더는 못버리는 것이 잇습니다... 이유는 저두 잘 몰겠지만
퍼미션 문제도 잇게꼬,, 암튼,,,,

폴더안에서 파일을 일일이 지우시던가 (빈폴더일때는 지워질꼽니다...제가 몇번 그래봤거덩요,,,,,)
아님 FTP프로그램을 딴거 써보세효,,,,
저는 Vicomsoft FTP 를 쓰는데 효과만점 짱입니다...